Fethullah Gülen yayınlanmaya başladığı günden bu yana tarihi çelişkilerden, hakaret iddiasına kadar birçok konuda çeşitli kesimlerden eleştiriler alan Muhteşem Yüzyıl'a sert çıktı.
Gülen herkul.org sitesinde yayınlanan videosunda Kanuni'nin 46 yıllık saltanatında sadece 1.5 yıl İstanbul'da yani sarayda kaldığını hatırlatarak, diziyi çekenler için "Küstahlar, saygısızlar, terbiyesiz adamlar" ifadelerini kullandı.
"46 yıllık saltanat hayatında sadece1.5 yıl sarayda İstanbul'da kalmış. Bana çok dokundu bu. Bu küstahlar onunla alakalı film çevirdiler. Saygısızlar, terbiyesiz adamlar. Atalarını bu şekilde tahrik eden insanlar..."
ve büyük harflerle yazılmış yorumlar onaylanmamaktadır.