Anayasa paketinde sonradan yapılan bazı değişiklikler kafa karışıklığına yol açtı.
Anayasa Komisyonu'ndaki düzenlemelerden özellikle askeri mahkemelerin yetki alanıyla ilgili madde ve Yüksek Askeri Şûra (YAŞ) kararlarına yargı yolunu açan maddedeki değişiklikler 'geri adım' olarak niteleniyor. Maddenin ilk hali, YAŞ mağdurlarını umutlandırmıştı. Fakat komisyon aşamasında buna bazı eklemeler yapılması, mağdurları tedirgin etti.
AK Parti'nin ilk hazırladığı değişiklik teklifinde, Anayasa'nın 125. maddesi, "Ancak Yüksek Askerî Şûra'nın Silahlı Kuvvetler'den her türlü ilişik kesme kararlarına karşı yargı yolu açıktır." şeklinde düzenlenmişti. Fakat paket Anayasa Komisyonu'nda görüşülürken, Genelkurmay'dan gelen talep üzerine, yeni bir değişikliğe gidilmişti. Maddenin son şekli şöyle: "Ancak, Yüksek Askeri Şûra'nın terfi işlemleri ile kadrosuzluk nedeniyle emekliye ayırma hariç, her türlü ilişik kesme kararlarına karşı yargı yolu açıktır."
Bu değişiklik YAŞ mağdurlarının tepkisini çekti. Adaleti Savunanlar Derneği (ASDER) Genel Başkanı Emekli Tuğgeneral Adnan Tanrıverdi, "125. maddeye eklenen yargı denetiminden uzak bu ifade, TSK içerisindeki belli grupların istedikleri kişileri terfi ettirmesine ve kadrosuzluktan emekliye sevk etmesine imkân sağlayacaktır." çekincesini dile getirdi. YAŞ'ta geçmişe dönük kararlara yargı yolunun açılmasını umut ettikleri bir süreçte bu değişikliğin tam tersi bir sonuç doğuracağını savunan Tanrıverdi, şûra kararlarına açılan yargı yolunun daraltıldığını kaydetti.
Emekli Tuğgeneral, önemli bir hususun da altını çizdi. 1953 yılından 1980 Anayasası'nın kabulüne kadar geçen süre içerisinde 2.400 kişi hakkında terfi kararı verildiğini, bu kişiler arasından sadece 6 kişinin terfilere itiraz ettiğini vurgulayan Tanrıverdi, son eklenen maddenin açıklayıcı bir yanının olmadığını belirtti.
ve büyük harflerle yazılmış yorumlar onaylanmamaktadır.